Декларируемая цель Фонда — поддержка научно-исследовательских работ по всем направлениям фундаментальной науки, содействие повышению научной квалификации учёных, развитие научных контактов, в том числе поддержка международного научного сотрудничества в области фундаментальных исследований.
Финансирование Фонда осуществлялось за счёт средств федерального бюджета и добровольных взносов от организаций и частных лиц.
За время своего существования РФФИ поддержал более 200 тыс. российских учёных. На долю получателей грантов РФФИ приходится более 30 % всех статей российских учёных в авторитетных зарубежных научных изданиях.
В 2020 году началась ликвидация РФФИ путём слияния с Российским научным фондом (РНФ), в соответствии с административной реформой, объявленной премьер-министром М.В. Мишустиным 23 ноября 2020 года.
